Average Nucleotide Identity | multiprocessing in python
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In this video I introduce what is Average Nucleotide Identity (ANI score) with a workflow diagram and then follow up with a simple pythonic implementation of the score calculation function. Note that in well-made ANI tools, we will run a genome-fragmentation and alignment via BBH (best bidirectional hit) before the ANI score is calculated.
Later in the video I cover multiprocessing techniques and which ones are most suitable per our use case.
Chapters:
0:00 ANI introduction
2:30 ANI workflow
5:43 python code for ANI calculation
11:25 testing different multiprocessing strategies
Hope it is useful!
Github code link: https://github.com/AdiBad/parallel_ANI
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