Workshop: Interoperability between R and Python using BiocPy Workshop

Veröffentlicht am: 25 August 2024
auf dem Kanal: Bioconductor

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The BiocPy project aims to facilitate development of Bioconductor workflows in Python. This workshop will provide an overview of the core data structures implemented in BiocPy (e.g., GenomicRanges, SummarizedExperiment) that were ported from R. Participants will be guided through two Bioconductor-derived workflows in Python. The first will involve reading an RDS file containing genomic ranges and performing downstream range-based analyses. The second will use the scRNAseq package to access public single-cell RNA-seq datasets, followed by cell type annotation using the SinglePy package. Attendees will learn how to represent and manipulate their datasets in Python in the same manner as in R/Bioconductor. All packages in BiocPy are published to PyPI and code is opensource @ https://github.com/BiocPy.

Jayaram Kancherla

Auf dieser Seite können Sie das Online-Video Workshop: Interoperability between R and Python using BiocPy Workshop mit der Dauer stunde minuten sekunde in guter Qualität ansehen, das der Benutzer Bioconductor 25 August 2024 hochgeladen hat, den Link mit Freunden und Bekannten teilen, dieses Video wurde auf Youtube bereits 110 Mal angesehen und es wurde von 1 den Zuschauern gefallen. Viel Spaß beim Betrachtenden Zuschauern gefallen!

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